本校所屬的三學院充分結合澎湖地方產業發展的需求，其中海洋暨工程學院以養殖及綠能為發展特色，觀光休閒學院則以觀光與海洋遊憩為課程主軸。至於本學院作為離島澎湖唯一提供管理知能人才培育的學院，一方面以培育學生具備實務管理知識與技能的相關專業人才，使其未來不論在澎湖或臺灣本島任職皆具備職場競爭力；另一方面亦充分善用在地資源，經由教學培養學生島嶼產業相關管理知能，並作為在地相關服務產業發展的研發與育成中心，更要因應澎湖地區各公民營機構人士的需求，提供在職進修及回流教育管道，以提升當地之人力素質作為任務導向。